Součástí projektové žádosti je i harmonogram postupu realizace projektu. Pokud je žádost o dotaci úspěšně posouzena a doporučena k financování, jsou následně některé z termínů uvedených v tomto harmonogramu uvedeny jako závazné pro poskytnutí dotace. Některé dotační programy přímo stanovují nejzažší termín pro ukončení realizace projektu.

Proto je nutné již při přípravě dotačního projektu zohlednit celou řadu faktorů a nastavit reálně plán jednotlivých částí projektu. Například se jedná o délku stavebních prací či dodávek zařízení s ohledem na klimatické podmínky, délku výběrových řízení na dodavatele s ohledem na druh a rozsah daných zakázek, dobu nezbytně nutnou pro zpracování odborných dokumentů jako jsou studie proveditelnosti, různé analýzy či projektové dokumentace. V úvahu je nutné brát případně i termíny pro projednání některých dokumentů na orgánech veřejné správy, ať již se jedná o stavební povolení, různá vyjádření či stanoviska.